納品データを作成しましたが、チェックシステムでバージョンが不明と言うエラーが出ます。  

2014年06月29日

国土交通省や農林水産省など、国の基準が改訂されたばかりの場合、チェックシステムが改訂された新しい基準に対応されていない場合があります。

作成されている工事データの適用区分とチェックシステムの対応基準をご確認ください。
また、発注者様にも納品についてご確認頂くとスムーズに納品が完了できるかと思われます。